Недавно назначенный по просьбе его сестры Джулии кардинал Фарнезе берет на себя казначейство и быстро обнаруживает воровство Версуччи. Микелетто отправлен на поиски своенравного кардинала. Между тем, узнав о просьбе Венеции о помощи против турецких корсаров, Александр видит в этом шанс пополнить казну и резко призывает к Крестовому походу. Будучи обеспокоена за лояльность новых кардиналов, Джулия устраивает для них каштановый банкет, которая, по сути, является ловушкой для кардиналов в целях их будущей лояльности. Тем временем король Фердинанд узнает, что брачная церемония Лукреции и Альфонсо так и не была завершена, а поэтому требует публичного доказательства проявленной любви. Однако унижения Лукреции лишь сильнее связывают отношения между ней и ее братом.

Поскольку большинство Кардиналов уволены и лишены своих званий и богатства, один из них, кардинал Версуччи, в гневе поджигает Ватиканское Казначейство после кражи крупной суммы. Возмущенный тем, что новый король Фердинанд высокомерно отказал принять Джованни как сына Лукреции, Чезаре отправляется в неаполь решить эту проблему. Позже, Чезаре начинает рассматривать союз с давним врагом Франции, в то время как Александр упорно придерживается своего плана союза с Неаполем, и, следовательно, с Испанией. После свадьбы Лукреции и Альфонсо, Альфонсо понимает, что политический перевес не в его пользу. Расстроенный, он оставляет Лукрецию одну в брачную ночь, что в конечном итоге подталкивает ее в объятиях своего брата.

После полного выздоровления Александр поручает кардиналу Сфорца провести "инквизицию" среди Кардиналов, которые вели политику против него, в то время как его жизнь висела на волоске. Александр увольняет и высылает всех Кардиналов, которым не доверяет. Но один из них - кардинал Орсини – отказывается молча покидать свою должность, и вынуждает Папу отбросить статус Его Святейшества. Между тем, Катерина Сфорца приказывает Руфио заручиться поддержкой наемных военачальников семей Романьи - Орсини, Вителли и Колонна. Лукреция раздражена, что ее родственники со стороны супруга не будут приветствовать ее сына Джованни в суде; плюс она понимает, что ее чувства к Чезаре выходят за рамки сестринских.

В то время как Папа Александр борется за свою жизнь после отравления, кардиналы соперничают за папство. Чезаре и Микелетто проводят расследование, чтобы узнать заказчика преступления, но Делла Ровере готов сделать свой ход - и это не единственный его заговор. Катерина Сфорца, чтобы свергнуть семью Борджиа, посылает личного головореза Руфио. Однако благодаря сообразительности Лукреции власть семьи не может быть потеряна.

В то время как Александр волнуется, что Хуан не пришел домой, Савонарола пытают на дыбе, но он не признается. Чезаре, полный решимости разрушить его наследие так же как его тело, фальсифицирует признание, и Савонарола сжигают как еретика. Между тем в Рим пребывает новый претендент на руку Лукреции, Альфонсо Арагона. Игривая Лукреция намеревается сыграть с ним, как и с другими претендентами до него, роль распутницы, но сильно удивлена, когда влюбляется в него. Она объявляет свое согласие на брак с ним. Радость Папы Римского однако недолгая, когда он получает тяжелые новости, способствующие отвратительному признанию Чезаре. Позже, во время празднования помолвки Лукреции, Александр и Чезаре вместе поднимают чаши вина, но Антонелло на месте, и Чезаре понимает опасность слишком поздно, поскольку Папа Римский подносит отравленный кубок к губам…

Наступила Пасха, но Александр продолжает поститься. Принят новый дегустатор, и Антонелло получает задание - убийца Делла Ровере уже готов нанести удар. Во Флоренции Чезаре бросает вызов Савонароле к испытанию огнем. Рафаэлло тем временем официально просит руки Лукреции, но Александр отправляет братьев паковать вещи. Джулия убеждает Александра, что его правление идет хорошо, таким образом, он заканчивает поститься и распоряжается устроить празднование для крещения ребенка Лукреции. На этом пиршестве Антонелло готов нанести удар, но мешает решение Александра перейти от воды обратно к вино. Между тем Хуан полностью выходит из-под контроля и угрожает жизни ребенку Лукреции. И Чезаре наконец приходит к согласию с тем, что должен сделать.

Вернувшись в Рим, Хуан красуется раненой ногой и рассказывает об отважных поступках при поражении его армии в Форли. Но Эрнандо возвращает мальчика Бенито обратно в Рим, и Чезаре полон решимости сделать так, чтобы его отец услышал правду о трусости брата. Хуан же, познав горечь унижения, мучается от сифилиса и инфицированных ран. Чтобы унять невыносимую боль, он прибегает к помощи опиума. Лукреция, Джулия и Ванозза узнают, что работы по реставрации старого здания, которое определено под приют, так и не начались, и чтобы закончить начатое дело прибегают к шантажу ответственных за работы кардиналов. Лукреция тем временем, все еще изворачивается от брака с Кальвино, флиртуя с его братом; Ванозза дает дочери совет, и Лукреция обольщает Рафаэлло. План Делла Ровере по убийству Папы стоит перед одним последним препятствием: как заменить дегустатора Папы Римского на своего собственного агента? В то время как Делла Ровере обдумывает моральную дилемму убийства хорошего человека для благого дела, его сообщник Антонелло берет дело в свои руки.

Триумфальное возвращение Хуана из Испании омрачено его неудачной осады замка Сфорца. Лукреция намеренно уничтожает планы выдать ее замуж за богатого купца Дженовезе.

Александр убежден, что удар молнии, который пришелся на Собор Святого Петра во время мессы, был знаком неодобрения свыше. Между тем Чезаре пытается доказать свою значимость в качестве военного командира. А Папа Римский оказывает давление на Лукрецию, которая противится заключить новый политический брак.

Чезаре решительно намерен иметь дело с хитрым Сфорца. Александр маскируется и отправляется во Флоренцию, послушать пламенного проповедника Савонарола, не понимая, что Делла Ровере пытается привлечь мятежного священника в свои планы.

Микелетто помогает Чезаре нанять наемников, чтобы отомстить французским войскам за сожженный женский монастырь, где проживала Урсула. Практичное объединение зданий Папы Александра оказывается очень полезным. А Лукреция поддерживает миссию Джулии помочь беднякам Рима.

Александр сообщает убитой горем Лукреции, что поскольку Паоло совершил самоубийство, он не может быть погребен по христианскому обряду. В протест этому она отказывается есть и кормить своего ребенка. Тем временем французская армия на марше из Неаполя и намерена осадить Рим.